Şirince'deki Matematik Köyü'nde yaptırıldığı iddia edilen 2 katlı bina mahkemelik oldu. Nesin Vakfı yöneticisi Ali Nesin hakkında "Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu'na Muhalefet ve İmar Kirliliğine Neden Olmak" suçundan 2 yıldan 5 yıla kadar hapis cezası talebiyle dava açıldı.

İzmir Kültür ve Turizm Varlıklarını Koruma Bölge Müdürlüğü ile Selçuk Belediye Başkanlığı tarafından yapılan şikayet üzerine Selçuk Cumhuriyet Başsavcılığı 2014 yılında Nesin Vakfı’na ait olan Şirince’deki Matematik Köyü hakkında soruşturma başlattı. Gazete Habertürk'ten Serdar Kulaksız'ın haberine göre, soruşturma sonunda Nesin Vakfı yöneticisi Ali Nesin hakkında  5 yıla kadar hapis cezası talebiyle dava açıldı. 

Selçuk Cumhuriyet Başsavcılığı, Ali Nesin’in, İzmir Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından kentsel SİT alanı olarak tescil edilen Şirince Köyü’nde bulunan arsada vakıf adına izinsiz iki katlı bina yaptırarak korunması gerekli taşınmaz kültür ve tabiat varlıklarının bozulmasına ve tahrip olmasına neden olduğunu iddia etti. Arsaya ait dosyadaki mevcut yazışma örneklerinde Nesin Vakfı adına Ali Nesin’in isim ve imzasının yer aldığını belirten savcılık, dava açmak için yeterli şüphe bulunduğunu belirtti. İfadesi alınan Ali Nesin’in, inşaattan bilgisinin olmadığını söylediği aktarıldı.