Mozart henüz 14 yaşındayken, 1769 yılının Aralık ayında İtalya'ya babasıyla gerçekleştirdiği seyahatteki bir diğer önemli an, Vatikan'da Sistine Şapel'ine yaptığı ziyarettir. Paskalya töreninden bir önceki hafta çarşamba gününe denk getirilen ziyaret, müzikal olarak çok önemliydi. Kuşkusuz Leopold ve Wolfgang Amadeus Mozart, kilise tarafından sır gibi saklanan ve bu şekilde mitleştirilen Allegri'nin ''Miserere'' adlı eserinin varlığından haberdardı.
Gregorio Allegri (1582-1652); müzikte ''Roma Okulu''na ait bir bestecidir. Roma'da yaşamış ve ölmüştür. Sanatçı'nın bağımsız olmadığı, sanatın da zanaat ile eş görüldüğü bir dönemin bestecisidir. Aynı zamanda rahip ve şarkıcı'dır. Bilinen en eski yaylı çalgılar dördülü'de Allegri'ye aittir. Tam ismiyle ''Miserere mei, Deus'' Allegri'nin en çok bilinen eseridir. Eser iki koro için bestelenmiştir. Bir koro beş sesli, diğeri ise dört seslidir. Rönesans müziği'nin en çok yorumlanan eseri olarak da ünlüdür. Tarihsel olarak Rönesans 17. yüzyılda bitmesine rağmen, müzikte ''Roma Okulu'' geleneklere bağlılığı ile açıklayabiliriz bu durumu.
Baba-oğul Mozart'ların ziyaret ettikleri Latince ''Tenebrae'' (gölgeler, karanlık) kelimesiyle adlandırılan ayin, müzikal olarak çok özeldi. Papa, ünlü İtalyan besteci Gregorio Allegri'nin 51. Psalm üzerine bestelediği ''Miserere'' adlı eserini senede sadece iki defa Paskalya öncesine denk gelen ''Tenebrae'' ayini sırasında, o hafta'nın çarşamba ve cuma günleri seslendirilmesine izin veriyordu. Bu gelenek Papa VIII. Urban döneminde 17. yüzyıl başlarında yerleşmişti. Eserin bu tören dışında seslendirilmesi, notasının yazılması kilise tarafından yasaklanmıştı, cezası excommunication, yani kilise'den atılmaktı.
Mozart'ın ailesinin mektuplarında da somutlaşan anlatıya göre, Mozart Çarşamba günü gittiği ilk ayini dinledi, ardından bütün müziği hafızasından notaya döktü, Cuma günü gerçekleşen ikinci ayine de katıldı ve eseri tekrar dinledi. Yazdığı notalar üzerinde küçük düzeltmeler yaptı. Ve yüzyıllar boyunca yasaklar yüzünden mitleşen Allegri'nin ''Miserere''si artık kilise'nin malı olmaktan çıkmıştı. Kilise, bir gün 14 yaşındaki Mozart'ın Sistine Şapel'ini ziyaret edeceğini hesap etmemişti.
Mozart, daha sonra aynı tarihlerde Roma'da bulunan İngiliz besteci ve tarihçi Dr. Charles Burney (1726-1814) ile tanıştı. Burney 1770 yılında bir müzik tarihi kitabı yazmak için, İngiltere'de ulaşamadığı kaynakları bizzat aramak üzere Fransa ve İtalya'ya giden bir araştırmacıydı. Paris üzerinden geçtiği İtalyan şehirleri, Cenova, Torino, Milano, Padua, Venedik, Bolonya, Floransa, Roma ve Napoli şehirlerindeki müzikal yaşantıyı araştırıyordu. Mozart ile buluşması sırasında, notasını alabildiği Allegri'nin ''Miserere''sini beraberinde Londra'ya götürmüş ve 1771 yılında, bestelenişinin üzerinden yüzyılı aşkın bir süre geçmesinin üzerine bastırabilmiştir. Bu baskıda, eserin aslında ünlü olduğu süslemeler ne yazık ki bulunmamaktadır. Burney, bu seyahati sırasında gördüklerini ayrıca, The Present State of Music in France and Italy, (Fransa ve İtalya'da Müziğin Güncel Durumu) başlığında bir kitap olarak yine aynı yıl içerisinde basmıştır.
Papa XIV. Clement, Paskalya pazar gününde Mozart'ı kabul etti. Onu kilise'den atmadı, bilakis Mozart'ın yeteneğine ve zekasına hayranlığını belirtti, ve cezayı kaldırdı. Haziran ayında, Vezüv yanardağını ve Pompei tapınağını ziyaret eden Mozart'lar Roma'ya dönüşlerinde Papa tarafından tekrar kabul edilirler. Mozart'a ''Golden Spur'' tarikatına ait altın haç hediye eder. Temmuz ayına geldiğimizde Mozart, kendi la minör ''Miserere''sini (KV. 85) bestelemiştir bile. Ekim ayında ''Accademia filarmonica di Bologna''nın çok zor olan giriş sınavını kazanacaktır.